燉煮燕窩時所用的水質、火候等因素，也可能影響燕窩的顏色。例如，利用硬水燉煮燕窩，其中的鈣鎂離子容易與蛋白質發生反應，引發燕窩變紅。在燉煮燕窩的期間，水分和熱量會促使燕窩中的蛋白質發生水解，產生多種氨基酸。同時血紅素在高溫下會發生氧化反應，使燕窩的顏色逐漸變為淡紅色。